三周目起始于主角家中，需前往橙华森林中部触发主线剧情。此处可捕捉Lv.30雪拉比，建议提前准备速度型精灵与高级球。在梦之实验室的世界狭缝中，将遭遇Lv.100小智队伍（包含皮卡丘、喷火龙等）和全明星阵容（双弹瓦斯、阿柏怪等），建议队伍平均等级达到85级以上。
魅影摩天楼是核心挑战区域，包含六个赛区共计13位BOSS。以电系道馆为例，馆主甘菊的雷精灵具备130速度种族值，需配置地面系技能应对。每个赛区通关奖励包含大师球1+神奇糖果5，建议优先挑战获得资源补给。
属性克制在三周目尤为重要。例如对战小智的Lv.100皮卡丘时，地面系精灵（如天蝎王）可免疫其招牌技能十万伏特。技能搭配方面，创世神的灭亡歌技能需通过「隔音」特性或「神秘守护」状态破解。
对战设施存在特殊机制：对战工厂需从随机6只精灵选取3只组建队伍，建议优先选择种族值总和500+的准神兽（如巨金怪）。对战巨蛋的1v1模式中，携带「气息腰带」的赫拉克罗斯可反杀喷火龙等火系强敌。
源初之山顶部藏有Lv.100创世神，需携带时空三神（帕路奇犽、帝牙卢卡、骑拉帝纳）触发战斗。月魇镇恶系道馆的隐藏BOSS加瓦，其Lv.93阿勃梭鲁会使用「剑舞+突袭」combo，建议使用格斗系精灵速攻。
人格代码模拟战中，五位势力首领的重构阵容包含超梦、古拉顿等神兽。击败后获得的神秘U盘可在森之洋馆解锁隐藏邮件，该道具关联后续的耀光团支线剧情。
道具分配方面，建议将大师球留给源初山的创世神（捕获率3）或盖诺赛克特（需破坏因子触发）。技能机「恶之波动」优先给阿勃梭鲁使用，可提升对超能系道馆30%输出效率。
队伍构建推荐双核心战术：以烈咬陆鲨（地面/龙）为主攻手，搭配美纳斯（水）形成联防。数据测试显示，该组合在对战塔70连胜挑战中胜率可达82%，能有效应对多属性阵容。
